Seit 1998 praktiziert Markus Engel als Heilpraktiker und setzt dabei die Schwerpunkte auf die abendländische Heilkunde, Phytotherapie, Spagyrik, (miasmatische) Homöopathie, systemische Beratung sowie Strukturaufstellungen (SySt). Sein zentrales Anliegen ist es, den ganzen Menschen zu sehen und auf seinem individuellen Weg einfühlsam zu begleiten – stets mit besonderem Augenmerk auf die konstitutionelle Entwicklung und die persönliche Lebensgeschichte. Er ist Mitglied im wissenschaftlichen Beirat der FAKOM, hält Seminare sowie Vorträge, schreibt für zahlreiche Fachzeitschriften und berät naturheilkundlich ausgerichtete Pharmaunternehmen.
